应用气象学院成立于2006年，前身是1960年南京气象学院创建时设置的农业气象学系，1989年更名为应用气象学系。学院1978年获得应用气象学硕士学位授予权，2003年获得应用气象学博士学位授予权。2008年应用气象学专业获批为国家特色专业建设点，2010年被评为江苏省高校应用气象产学研人才培养模式创新基地，2012年被评为江苏省重点专业，2019年评为江苏省一流专业。学院拥有应用气象学和环境生态学两个博士点，应用气象学、生态学、农业资源与环境三个学术型硕士学位点和农业专业硕士学位点。学院设有应用气象学、农业资源与环境、生态学三个本科专业。学院建有中国气象局一级农业气象试验站、江苏省应用气象实验教学示范中心等教学实验平台，共建教育部“大气科学与环境气象实验教学中心”等。学院年均承担国家级科研项目30项以上，年均到账科研经费1500万元以上。近三年，年均发表SCI论文100余篇，专利授权20余项，研究成果在Nature、BAMS等国际顶级刊物上发表。获国家科技进步特等奖1项，国家一、二、三等奖各1项，以及省部级科技进步奖30项。学院现拥有国家特聘专家2人、国家杰青1人、教育部特聘教授1人、江苏省重点人才计划等省部级人才20余人。荣获“教育部科技创新团队”、江苏省重点创新团队、“江苏省优秀科技创新团队”等称号。

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